Јавната научна установа Институт за фолклор „Марко Цепенков“ – Скопје е една од најстарите институции во Република Македонија. Основан е на 6.4.1950 година со Уредба број 1183 на Владата на Народна Република Македонија, по предлог на Министерството за наука и култура (Сл. весник бр. 11/50), како самостојна научна институција од посебен национален интерес. Тогашното именување е: „Фолклорен институт на НРМ“.
Во Во текот на своето постоење и развиток Институтот претрпел неколку трансформации: Од јуни 1979 година Институтот за фолклор е носител на името на познатиот и еден од најплодните собирачи на македонското фолклорно и етнолошко богатство – Марко Цепенков, и со тоа именување е регистриран во судот и другите надлежни установи. На 31.12.1996 година Институтот за фолклор „Марко Цепенков“ – Скопје од Министерството за наука има добиено Решение број 08-4261/1 за исполнетоста на условите за стекнување на својството: Јавна научна установа. Со донесувањето на Законот за научноистражувачката дејност од 1996 година, ЈНУ Институт за фолклор „Марко Цепенков“ од Скопје работи во согласност со одредбите на овој закон како Јавна научна установа со Статут одобрен од Владата на Република Македонија, број 23-323/9 од 18.02.1997 година, објавен во Службен весник. Новиот Статут на институцијата донесен на 20.10.2010 год. е прилагоден на новиот Закон за научноистражувачката дејност од 2008 година, а Одлуката за давање согласност на Статутот на Институтот од страна на Владата на РМ, број 51-5769/1 од 19.10.2010 година, исто така е објавен во Службен весник на РМ.
Основните активости на ЈНУ Институт за фолклор „Марко Цепенков“ се одвиваат почнувајќи од теренските истражувања со што континуирано се бележи и се следи состојбата во сите сегменти на духовната и материјалната култура на народното творештво. Материјалите од теренските истражувања во интерната институтска научно-стручна обработка се подложни на: регистрирање, чување, заштита, обработка и презентирање. Мултидисциплинарниот карактер на истражувањата се: собирањето на производите од народното творештво за време на теренската работа, нивната обработка и публикување е заради афирмирање на културното наследство коешто се постигнува со нивната презентација, односно дистрибуција во форма на објавени монографии и зборници во државава и надвор од неа. Резултатите од истражувањата се презентираат со објавување на научно-стручните изданија (монографии, списанија, зборници и сл.), а исто така и со учества на меѓународни научни собири. Проучувањето на македонската народна традиција претставува интерес на многумина научници од различни области, како што се фолклористиката, етнологијата, етномузикологијата, етнокореологијата, историјата на уметноста, архитектурата итн.
Почнувајќи од 1968 година ЈНУ Институт за фолклор „Марко Цепенков“ од Скопје континуирано го организира Меѓународниот научен симпозиум за балкански фолклор, кој традицонално се одржува секоја втора година во Охрид. Досега се организирани 18 такви симпозиуми, а рефератите се објавуваат во „Македонски фолклор“, списание на Институтот за фолклор „Марко Цепенков“.
Дејноста на ЈНУ Институт за фолклор во 2006 година е сообразена со Законот за заштита на духовното културно наследство и се одвива во согласност со препораките на светската организација за образование, наука и култура – УНЕСКО, инкорпорирани во овој закон. Институтот досега има изготвено 50-тина елаборати за валоризација и ревалоризација на фолклорни добра, од кои, три се наоѓаат и на листите на УНЕСКО за нематеријално културно наследство на човештвото: „Чет’рсе – празнувањето на Св. 40 маченици во Штип“ и „Копачката – машко соборно оро од с. Драмче, Пијанец (Делчевско)“ и двете на репрезентативната листа на нематеријалното културно наследство на човештвото, додека „Гласоечко – машко двогласно пеење од Долни Полог (Тетовско)“ е впишано на листата на нематеријалното културно наследство на човештвото за ургентна заштита. На репрезентативната листа на нематеријалното културно наследство на УНЕСКО од 2017 година се наоѓаат уште две културни добра кои се номинирани од Република Македонија, и тоа: „Мартинки – културни практики поврзани со 1-ви март“, кое е номинирано заедно со Романија, Молдавија и Бугарија, и „Х’д’рлез – пролетно прославување“, кое е номинирано заедно со Турција.Во рамките на дејноста на заштитата на културното наследство и неговата поширока афирмација, од елаборатите за валоризација на фолклорните добра што ги имааат изготвено стручните лица вработени во Институтот за фолклор „Марко Цепенков“ и кои понатаму се оценуваат од Комисија одредена од Управата за заштита на културното наследство, а потоа Министерството за Култура на Р. Македонија ги доставува апликациите до УНЕСКО, уште неколку такви фолклорни добра ја чекаат финалната фаза за поставување на листите на нематеријалното културно наследство на човештвото.
Започнувајќи од учебната 2008/09 година, ЈНУ Институт за фолклор „Марко Цепенков“, освен за примарната научно-истражувачка дејност е регистриран и за вршење на активности од доменот на високообразовната дејност. Институтот се јавува и како организатор на студии од втор циклус (последипломски, магистерски студии), а според законските регулативи што овозможуваа стекнување на научната титула доктор на науки само со одбрана на докторска дисертација, на Институтот се спроведоа и неколку одбрани на докторски дисертации. Од академската 2018/19 година Институтот за фолклор организира и студии од трет циклус (докторски студии) по фолклористика. Институтот има и статус на придружна членка на Универзитетот „Св. Кирил и Методиј“ во Скопје, а со свој претставник е застапен и во Сенатот на оваа реномирана високообразовна институција.