Домашната и меѓународната соработка се реализира со учество на научни собири (конгреси, симпозиуми, студиски престои). Меѓународната соработка се остварува со презентирање и публикување на стручно-научни публикации во странски списанија. Научноистражувачкиот потенцијал во Институтот, до сега, има остварено неколу значајни заеднички компаративни меѓународни проекти, со објавување на добиените сознанија од овие истражувања. Од осебено значење за остварување на меѓународната соработка претставува одржувањето на меѓународниот Симпозиум за балкански фолклор.

ЈНУ Институт за фолклор „Марко Цепенков“ досега има склучено договори за соработка со следниве научни установи во странство:

1. Институт за славистика при Универзитетот „Адам Мицкјевич“ во Познањ, Полска;
2. Институтот за историја на уметноста, фолклористика и етнологија „М. Т. Рилски“ од Киев, Украина;
3. Институт за етнологија и фолклористика со етнографски музеј при Бугарската Академија на Науките во Софија, Бугарија;
4. Институт за славистика при Руската Академија на Науките во Москва, Руска Федерација;
5. Етнографски Институт при Српската Академија на Науките и Уметностите во Белград, Србија.
6. Институт за етнологија и фолклористика во Загреб, Хрватска.