Започнувајќи од учебната 2008/09 година Институтот за фолклор „Марко Цепенков“ се стекна соправото за организирање на студии од втор циклус (последипломски, магистерски) и докторски студии по фолклористика. На почетокот, студиите од втор циклус по фолклористика беа организирани според студиската програма за двегодишни (4-семестрални) студии, додека од учебната 2014/15 година тие се одвиваат според студиската програма за едногодишни (2-семестрални) студии. Досега студиите од втор циклус (последипломски), според старата програма успешно ги завршија 9 студенти и се стекнаа со научната титула магистер по фолклористика.

магистри по фолклористика според двегодишната (4-семестрална) студиска програма:

            1. Ермаљ Мехмети (тема на магистерскиот труд: „Полифоното пеење кај Албанците во Република Македонија, со посебен осврт на преспанскиот регион“);

            2. Џенгис Ибрахим (тема: „Народниот музички инструмент баглама кај Турците во Македонија“);

            3. Тимко Чичаковски (тема: „Чалгиската традиција во Берово“);

            4. Сашо Митев (тема: „Народните музички инструменти и инструменталната традиција во Струмичко-радовишкиот регион“);

            5. Марко Петрушевски (тема: „Психоаналитичката фолклористика на Алан Дандес“);

            6. Рини Усеини (тема: „Албанските народни носии во Струшко“);

            7. Трајан Ристовски (тема: „Традициски верувања и обредна пракса околу раѓањето кај Овчеполците“);

            8. Зоран Џорлев (тема: „Ороводните песни како дел од македонската обредно-пејачка традиција“);

            9. Антонија Гугинска-Јорданоска (тема: „Традиционалната текстилна орнаментика во Скопска Блатија“).

  Според новата едногодишна (двосеместрална) студиска програма по фолклористика, која има два модули: 1. интермедијални студии по фолклористика и 2. фолклористичко истражување на културата со научната титула магистер по фолклористика се имаат стекнато двајца магистранти, а уште неколку се во фаза на изработка на магистерскиот труд или во завршната фаза на полагање на испитите предвидени со студиската програма. Раководител на студиите на втор циклус е д-р Кристина Димовска.

магистри по фолклористика според едногодишната (2-семестрална) студиска програма:

1. Мелита Ивановска (тема на магистерскиот труд: „Обредната пејачка традиција кај Македонците со исламска религија во Долна Река“);
2. Горан Василески (тема: „Женските обредни поворкиво Брсјачката етнографска целина“).
3. Ружица Самоковлија Барух (тема: “Обредноста при воведувањето во статусот жена во македонската традиционална култура”)